Antrojoje „Matricos“ trilogijos dalyje visagalės mašinos sužino paskutinio žmonių miesto Ziono dislokacijos vietą. Kompiuteriai ketina iškasti tunelį Žemės šerdies link ir pasiųsti juo menkiausią judesį užfiksuojančius robotus-kamikadzes sentinelus, kurie sprogsta ir sunaikina viską aplinkui. Neo, Morfėjus, Trinitė ir visa pasipriešinimo komanda tęsia kovą su mašinomis.